IRPF. Trabajador recibe remuneración en acciones y compra por su cuenta otras acciones de la misma empresa. Venta posterior de parte de la cartera de acciones. ¿cuáles ha vendido?

Buenas, el otro día me planteó un amigo una duda real sobre la tribulación de sus acciones y la verdad es que no supe responderle y ahora me pica la curiosidad. Soy opositor de Agentes de Hacienda y creo que escapa un poco al temario (o me falta estudiar más, jeje). La duda es la siguiente:

El recibió acciones de la empresa, que en principio tributan como rendimientos del trabajo en especie y están exentos hasta los 12.000 euros si no estoy equivocado. Estas acciones tienen como particularidad que hay que mantenerlas al menos 3 años según el RIRPF.

Por otro lado, posteriormente compró acciones de su empresa por su cuenta. Éstas tributarian ya como ganancias o pérdidas patrimoniales según el caso. Obviamente en su cartera todas las acciones están juntas.

Finalmente vendió parte de las acciones antes de que pasaran los 3 años. Su intención era vender obviamente las últimas que había comprado por su cuenta, no las que le había dado la empresa. Pero según tengo entendido Hacienda usa el método FIFO para las acciones. Las primeras en entrar son las primeras en salir. Por lo que en teoría estaría vendiendo las que le dio la empresa y por tanto incumpliendo la regla de los 3 años. Mi pregunta es si esto es así, o si en este caso no se tiene en cuenta el método FIFO para las acciones que le dio la empresa.

Gracias.

Hacienda las contabiliza según el método FIFO.
Hasta ahí, está claro que para Hacienda las que ha vendido son primero las recibidas de la empresa, y si estas fueran menos de las que vendió, pues parte de las compradas posteriormente, incluso aunque estén en distintas cuentas.
Todo esto tributa como ganancia o pérdida patrimonial, independientemente de que sean unas o otras.
Precio de venta restando los gastos - Precio de compra o de valoración del sueldo en especie, y sus gastos añadidos. Ten en cuenta que ha debido declarar el precio de "compra" de dichas acciones como rendimiento del trabajo en especie en su día.
Respecto a la empresa, no se como será el acuerdo de adjudicación de acciones a los empleados, ni que penalización tienen por no respetar el plazo de 3 años; pero es posible que el acuerdo sólo fije que durante 3 años tenga que tener al menos X acciones en su cartera de valores

Creo que no me he explicado. Las acciones de la empresa tributan como rendimiento del trabajo pero estan exentas hasta 12.000 euros siempre y cuando se mantengan al menos 3 años. Esto es por ley, no por acuerdo de la empresa ni nada parecido. Concretamente artículo 43 RIRPF. Esto quiere decir que si las vendes antes de pasar los 3 años hay que presentar una complementaria con intereses de demora y todo eso. La duda viene de si debe presentar la complementaria o en este caso el método FIFO no cuenta para esas acciones en concreto...