Supongo que porque la rectificación de autoliquidaciones pueden incluir devoluciones de ingresos indebidos, si se comprueba que se ha ingresado indebidamente 1800 euros en lugar de los 1000 que se solicitan, se abonan los intereses de demora que correpondan sobre lo reconocido.
Además hay que tener en cuenta que los intereses de demora que correspondan a las devoluciones derivadas de la normativa del tributo, se aplican en los términos del art. 31 LGT, es decir, cuando no se ordene la devolución por causa imputable a la Administración. Si un contribuyente solicita que se le devuelvan 1000 euros, cuando corresponderían 1800 tras la comprobación, la Administración no tiene la culpa de que no se le devolvieran los 800 de diferencia, puesto que el contribuyente no los solicitó. Por lo tanto solo se le abonarían, en su caso, sobre los 1000 que se solicitaron.
Y otra cosa a tener en cuenta es cuándo comienza el plazo para ordenar la devolución. En tu ejemplo el contribuyente solicitó la devolución el 28 de junio, pero luego presento un escrito solicitando la rectificación y una nueva devolución el 4 de septiembre. Entonces el plazo para ordenar la devolución entiendo que empezaría de nuevo el 4 de septiembre. En la LGT no viene nada sobre este procedimiento, pero sí regula una situación análoga que es la presentación de una autoliquidación extemporánea (art. 125.2 LGT). Esto es una interpretación mía, ojo... no sé si hay doctrina admistrativa al respecto. No está regulado expresamente en el RGAT, pero por analogía con las autoliquidaciones extemporáneas entiendo que sería aplicable. Si no, podría dar lugar a ciertos abusos para obtener intereses que ni en sueños ofrecen los bancos en sus depósitos a plazo.
